Guy Wagner grandit à Beidweiler. Après des études secondaires à Echternach, il fréquente les Cours supérieurs à partir de 1957 et l'École normale des instituteurs à partir de 1958. Il travaille comme instituteur jusqu'en 1974, entre autres à Beidweiler, à Differdange et à Esch/Alzette. Parallèlement, il fait des études de lettres françaises aux Cours universitaires et à l'Université de Metz, à partir de 1969. En 1974, il devient professeur au Lycée de garçons à Esch/Alzette, à partir de 1976 au Lycée technique Mathias-Adam à Pétange et, de 1980 à 1985, au Lycée technique Joseph-Bech à Grevenmacher. En 1985, il est nommé directeur du Théâtre municipal d'Esch/Alzette, poste duquel il démissionne en 1992. En automne de la même année, il est désigné coordinateur des manifestations organisées dans le cadre de Luxembourg Capitale européenne de la culture 1995. Début 1994, Guy Wagner démissionne de ce poste. Jusqu'en 2000, il est chargé de cours au Lycée technique des arts et métiers à Luxembourg. De 1978 à 1980, il représente le parti socialiste au conseil municipal d'Esch/Alzette.

Guy Wagner s'engage dans le domaine de la politique culturelle : il dirige des troupes de théâtre scolaire, est cofondateur en 1981 du CEPA et de l'académie d'été européenne et est à l'origine de la Fondation internationale Mikis Theodorakis (Filiki). Après de premiers articles dans Luxemburger Wort et Kunststoff, il devient collaborateur des journaux Tageblatt, Le Phare et Galerie. Il est fondateur et directeur de Kulturissimo, le supplément culturel du Tageblatt, et contribue depuis 2009 à la revue musicale Pizzicato.

Depuis le début des années 1970, Guy Wagner écrit de la poésie, des récits et des pièces de théâtre engagés. En 1973 et 1974, il est coéditeur avec Guy Rewenig de l'hebdomadaire Kontrast. Wochenzeitschrift für freie Meinung, contenant des articles critiques à l'égard de la société et du monde politique. Parus dans les années 1970 et au début des années 1980, les recueils de prose et de poésie Texte um Spuren, Keng Dreem méi et Ziviler Ungehorsam combinent des éléments de protestation à des parties plus subjectives et parfois fantastiques.

L'art dramatique occupe une part importante dans l'œuvre de Guy Wagner. Il s'y consacre en tant que directeur de théâtre, mais aussi comme auteur et critique. Dans son mémoire de fin d'études Le Temps d'une porte qui s'ouvre et se referme (1975), il analyse l'œuvre de Samuel Beckett. Ses propres pièces réalisées entre 1974 et 1979 se distinguent par leurs dramaturgies modernes et en partie documentaires. Citons D'Sakgaass, Aller Tage Abend, Ee wéi deen aneren ou encore Einmal am Ende. Après sa diffusion à la télévision en 1979, la pièce Ee wéi deen aneren, extraite de la trilogie Helleg Famill, déclenche une vague de polémiques à cause des critiques formulées à l'égard de la société et de la famille. La même année, Guy Wagner assiste à la réalisation de la pièce Scènes de famille, écrite par des élèves du Lycée technique Mathias-Adam.

À partir des années 1980, Guy Wagner s'intéresse aux biographies et aux œuvres de compositeurs contemporains et anciens. Dès 1969, il  publie une étude consacrée à Krysztof Penderecki dans Nouvelle Revue luxembourgeoise‑Academia. Le nom de Guy Wagner est avant tout étroitement lié à celui de Mikis Theodorakis. Il publie en 1983 une biographie de Theodorakis en allemand qu'il revoit et complète avec le compositeur lui-même pour la réédition allemande de 1995 et la traduction en français de 2000. En 1986, Guy Wagner présente dans l'ouvrage Luxemburger Komponisten heute les biographies et l'œuvre d'une quarantaine de compositeurs luxembourgeois contemporains. En 1991, il se tourne vers un sujet historique avec l'étude Frère Mozart qui relate la facette franc-maçonnique de la vie de Mozart. Une version augmentée de l'ouvrage paraît en allemand sous le titre Bruder Mozart (1996). Le compositeur autrichien est également le personnage central des nouvelles historiques intitulées Der Herr und der Meister, parues dans Galerie en 2005. La même année, Guy Wagner publie le roman Winterreise, dédié à Schubert, et en 2011 le roman Die Heimkehr sur Gustav Mahler. En 2008, il consacre une biographie à Erich Korngold. Par ailleurs, Guy Wagner dédie une monographie au peintre luxembourgeois Émile Kirscht (1987).

Guy Wagner est également l'auteur de traductions : il traduit, en collaboration avec Herakles Galanakis, en français des poèmes grecs de Mikis Theodorakis et de Tilemachos Chytiris et adapte du français en luxembourgeois des drames d'Anouilh, de Beckett et d'Ionesco. La biographie de Mikis Theodorakis, réalisée par Guy Wagner, est traduite en grec, son étude consacrée à Mozart en polonais.

Guy Wagner se distingue à plusieurs reprises pour son travail littéraire et pour son engagement politico-culturel. En 1991, il est lauréat du Prix René-Oppenheimer, qui récompense l'opposition au racisme, à l'intolérance et à la xénophobie. Guy Wagner est récompensé plusieurs fois au Concours littéraire national, entre autres en 2005 avec le roman Winterreise et en 2006 avec la pièce D'Enn, mäi Frënd qui s'inspire du théâtre de l'absurde. En 2007, il se voit décerner le Prix d'amitié Grèce-Luxembourg nouvellement créé par Henri Muller. En 2010, il reçoit le Prix du Mérite culturel de la Ville d'Esch-sur-Alzette. Guy Wagner est membre de la LSV.