Guy Wagner wuchs in Beidweiler auf. Nach Gymnasialstudien in Echternach besuchte er ab 1957 die Cours supérieurs und ab 1958 die Lehrernormalschule. Er war anschließend bis 1974 Grundschullehrer u. a. in Beidweiler, Differdingen und Esch/Alzette. Gleichzeitig studierte er ab 1969 an den Cours universitaires und an der Universität Metz Romanistik. Ab 1974 war er Sekundarschullehrer am Lycée de garçons in Esch/Alzette an, ab 1976 am Lycée technique Mathias Adam in Petingen und von 1980 bis 1985 am Lycée technique Joseph Bech in Grevenmacher. 1985 übernahm er die Leitung des Escher Stadttheaters, von der er 1992 zurücktrat. Im Herbst 1992 wurde er zum Koordinator für die Veranstaltungen von Luxemburg Kulturstadt Europas 1995 ernannt, ein Amt, das er Anfang 1994 niederlegte. Bis 2000 war er Lehrbeauftragter am Lycée technique des arts et métiers in Luxemburg. Von 1978 bis 1980 war er sozialistischer Gemeinderat in Esch.

Neben seiner beruflichen Tätigkeit ist Guy Wagner kulturpolitisch engagiert. Er leitete Schülertheatergruppen, war 1981 Mitbegründer des CEPA und der Europäischen Sommerakademie sowie Initiator der Internationalen Stiftung Mikis Theodorakis (Filiki). Nach Beiträgen in Luxemburger Wort und Kunststoff wurde er Mitarbeiter von Tageblatt, Le Phare und Galerie. Er ist Gründer und Leiter der Kulturbeilage Kulturissimo des Tageblatt und schreibt seit 2009 über Musik in der Zeitschrift Pizzicato.
Guy Wagner schreibt seit den frühen 70er Jahren engagierte Lyrik, Erzählprosa und Theaterstücke. Zwischen 1973 und 1974 gab er mit Guy Rewenig Kontrast. Wochenschrift für freie Meinung mit kritischen Artikeln zu Gesellschaft und Politik heraus. Die in den 70er und frühen 80er Jahren veröffentlichten Prosa- und Gedichtbände Texte um Spuren, Keng Dreem méi und Ziviler Ungehorsam kennzeichnen sich durch die Verbindung von Protest und subjektiveren, manchmal fantastischen Einschlägen.

Einen Schwerpunkt von Guy Wagners literarischem Schaffen bildet das Theater, dem er sich nicht nur als Theaterdirektor, sondern auch als Autor und Kritiker widmet. In seiner Zulassungsarbeit Le Temps d'une porte qui s'ouvre et se referme (1975) setzte er sich mit Samuel Beckett auseinander. Seine eigenen Stücke, z. B. D'Sakgaass, Aller Tage Abend, Ee wéi deen aneren, Einmal am Ende aus den Jahren 1974 bis 1979 zeichnen sich durch den Rückgriff auf moderne, z. T. dokumentarische Dramen- und Spielformen aus. Das 1979 als Fernsehspiel gesendete Stück Ee wéi deen aneren aus der Trilogie Helleg Famill löste aufgrund seiner Sozial- und Familienkritik eine Polemik aus. 1979 betreute er das von Schülern des Lycée technique Mathias Adam verfasste Stück Scènes de famille.

Ab den 1980er Jahren begann sich Guy Wagner verstärkt mit Leben und Werk zeitgenössischer und historischer Komponisten zu beschäftigen. Schon 1969 hatte er in Nouvelle revue luxembourgeoise-Academia eine Studie über Krzysztof Penderecki veröffentlicht. Verbunden ist sein Name aber vor allem mit Mikis Theodorakis. Guy Wagners 1983 auf Deutsch erschienene Theodorakis-Biografie wurde in Zusammenarbeit mit dem Komponisten für die zweite deutsche und die französischen Ausgabe von 1995 bzw. 2000 überarbeitet und ergänzt. Das Leben und die Werke von ungefähr 40 Luxemburger Komponisten heute stellte Guy Wagner 1986 in einem gleichnamigen Band vor. Einem historischen Thema wandte er sich 1991 mit der Studie Frère Mozart über Mozart als Freimaurer zu, die 1996 stark erweitert unter dem Titel Bruder Mozart auf Deutsch erschien. Mozart steht auch im Mittelpunkt der 2005 in Galerie publizierten historischen Kurzgeschichte Der Herr und der Meister. Im selben Jahr veröffentlichte Guy Wagner den Schubert-Roman Winterreise und 2011 den Roman Die Heimkehr über Gustav Mahler. . Guy Wagner schrieb eine Monografie über den Luxemburger Maler Émile Kirscht (1987) und verfasste die Biografie des deutschen Musikers Erich Korngold (Berlin 2008).

Guy Wagner trat ebenfalls als Übersetzer hervor. So legte er, zusammen mit Herakles Galanakis, Übersetzungen der Gedichte von Mikis Theodorakis und Tilemachos Chytiris aus dem Griechischen ins Französische vor und übertrug Dramen von Anouilh, Beckett und Ionesco aus dem Französischen ins Luxemburgische. Guy Wagners Theodorakis-Biografie wurde ins Griechische, seine Mozart-Studie ins Polnische übersetzt.

Guy Wagner wurde mehrfach für sein literarisches Schaffen und sein kulturpolitisches Wirken ausgezeichnet. 1991 war er der erste Empfänger des René Oppenheimer-Preises gegen Rassismus, Intoleranz und Fremdenhass. Er war wiederholt Preisträger beim Conconcours littéraire national, etwa 2005 für den Roman Winterreise und 2006 für das dem Absurden Theater verpflichtete Stück D'Enn, mäi Frënd. 2007 wurde er mit dem von Henri Muller neu geschaffenen Prix d'amitié Grèce-Luxembourg ausgezeichnet. 2010 erhielt er den Prix du Mérite culturel de la Ville d'Esch-sur-Alzette. Guy Wagner ist Mitglied des LSV.